京都の吉田家の許可も、明治維新の政変と共に、その効果を失ったのみか、明治五年には教部省が設置されて、同年七月には禁厭祈祷に対する、厳重なる布達が発せられた。
然るに同年十月、仲田、松尾の二氏が、大和神社の由来を聞くため同社に参り、神主に面会した所、神主が感情を害し、是が節となって政府の壓迫が、次第に始まって来た。
中山家は石上神宮の氏子なので、大和神社の神主より、その処置を依頼して来た、石上神宮からは神職五名が中山家に来たり、教祖に弁難せしも説破せられたので、帰途丹波市分署に訴へ出た。
教部省より布達のあった際とて、分署より警察官数名直ちに出張し、御簾、御鏡、御幣、金灯籠等の神具一切を没収して、村の総代に預けて引きあげた。
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